Aidhausen war ein Amt des Hochstiftes Würzburg und wurde nach der Säkularisation zugunsten Bayerns 1805 Erzherzog Ferdinand von Toskana zur Bildung des Großherzogtums Würzburg überlassen, bevor es mit den Verträgen von Paris 1814 wieder zu Bayern gelangte.

Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde.